理论上,如果全球能建立一个国际清算总中心,比如由国际清算银行(Bank for International Settlement, BIS)承担,无疑是最理想的选择。但由于目前各国基本上都是国家主权货币,仍坚持对本国货币的监管主权,资金跨境转移必须接受货币发行国为主的监控管理,BIS还难以发挥国际清算总中心的作用(目前还只是60来个国家央行的国际协调组织并处理其相互之间的部分清算业务),所以,目前主要还是由各个国家建立本国的跨境支付清算中心。同时,考虑到国际支付清算会涉及到不同的货币,需要与国际支付清算报文体系连接,其运行风险和管理要求与国内本币支付清算存在很大不同,为有效防范外部风险,有能力的国家一般都单独建立跨境支付清算的中心运行体系,并与国内清算总中心的系统保持连接,建立风险隔离机制。比如,美国国内美元清算总中心是美联储大额支付在线清算系统Fedwire,跨境美元清算中心体系是纽约清算所银行间支付系统CHIPS(Clearing House Interbank Payment System);中国国内人民币清算总中心是中国现代支付系统CNAPS(China National Advanced Payment System),跨境人民币支付清算中心系统则是CIPS。