一方面,NED与美国中央情报局有着千丝万缕的关系,其董事局不少成员与中情局有联系。NED其中与两个子组织——NDI(US National Democratic Institute for International Affairs)、ACILS(American Center for International Labor Solidarity)更是一直在香港低调运作,向香港一些政治团体提供资助和培训。NED,曾经在其网页上公开称,对2003年阻挠香港《基本法》23条立法感到自豪,并指出阻挠行动者组织的“七·一”游行就由他们资助。其实,NED的财政支出就是由CIA控制。NED为掩人耳目,曾将大部分拨款通过非政府机构发放,但这些机构均与中情局有关。